Franciszek Regis Clet urodził się 19 sierpnia 1748 r., w Grenoble. Sakrament chrztu św. otrzymał w dn. 20 sierpnia 1748 r., w kościele św. Ludwika w Grenoble. Rodzice Franciszka, ojciec Cezary Clet, matka Klaudia Clet z domu Bourquy, mieszkali w Grenoble. Była to chrześcijańska, pełna cnót obywatelskich i domowych rodzina, zajmowała się kupiectwem.
Franciszek Clet posiadał liczne rodzeństwo, siostra Maria Anna została Karmelitanką, a jeden z jego braci został Kartuzem. Również w dalszej rodzinie, wielu jego krewnych poświęciło się służbie Bożej. Franciszek Clet, z woli rodziców, rozpoczął naukę w kolegium Jezuitów w Grenoble, a od 1763 r. kontynuował ją w małym seminarium Oratorianów. Odkrył w tym czasie powołanie do stanu duchownego. Nauki teologiczne rozpoczął w wielkim seminarium Oratorianów w Grenoble. Pod wpływem głoszonych misji oraz zbudowany przykładem głoszących je misjonarzy Franciszek postanawia wstąpić do Zgromadzenia Księży Misjonarzy Św. Wincentego a Paulo. Opuszcza seminarium Oratorianów w Grenoble i w dn. 6 marca 1769 r. wstępuje do seminarium Zgromadzenia Misji w Lyonie. Śluby święte składa 18 marca 1771 r., zostając członkiem Zgromadzenia. Od biskupa Brona w dn. 17 marca 1773 r. otrzymuje święcenia kapłańskie.
Od marca do grudnia 1773 r. ks. Franciszek Clet pracuje w Lyonie. Z końcem 1773 r. zostaje przeniesiony do Annecy. W tutejszym seminarium biskupim przez 15 lat będzie pracował jako profesor teologii moralnej. Był profesorem bardzo sumiennym i zdolnym. Ze względu na swą wiedzę i erudycję nazywany był „żywą biblioteką”. W 1788 r. jako deputowany prowincji Lyońskiej wyjeżdża do Paryża na Konwent, który zbierał się aby wybrać następcę przełożonego generalnego, zmarłego niedawno ks. Jacquier’a. Wybrany na to stanowisko ksiądz Cayla de la Garde mianuje Franciszka Regis Cleta dyrektorem seminarium Zgromadzenia w domu macierzystym św. Łazarza. Niedługo dane mu było pracować w pokoju. 12 lipca 1789 r. banda 4 tys. rabusiów splądrowała dom św. Łazarza. Rabowali i niszczyli wszystko, całe wyposażenie domu, biblioteki, apteki. Misjonarze i klerycy zdołali zbiec (większość ukryła się w seminarium św. Firmina).
Przełożony generalny – ks. Cayla, przewidując represje Zgromadzenia we Francji, postanawia główny wysiłek Zgromadzenia skierować na misje zagraniczne, w tym szczególnie w Chinach. Ks. Franciszek Clet wielokrotnie prosi przełożonego generalnego o pozwolenie na wyjazd do Chin, które ostatecznie otrzymuje w 1791 r. i 2 kwietnia 1791 r. z bretońskiego portu Lorient wypływa w daleką podróż.
Szczęśliwie dopływają do Macao, skąd po kilkumiesięcznym pobycie ks. Clet udaje się do prowincji Kiang-si w Chinach. Prowadzi tutaj trudną i wyczerpującą pracę misyjną. Pod koniec 1793 r. ks. Franciszek Klet opuszcza to miejsce i udaje się do prowincji Hu-kuang, w której spędzi ostatnie 27 lat swego życia. Będzie to 27 lat uporczywej, niezłomnej walki ks. Cleta o dusze Chińczyków. Jest to czas, w którym przeżywa okresy radości, smutku i zwątpienia, aby na koniec swego życia przeżyć dany mu od Boga okres męczeństwa, a w konsekwencji okres chwały.
Po śmierci ks. Aubina 4 lipca 1795 r. ks. Franciszek Clet zostaje mianowany superiorem domu w Ku-czyngu oraz prokuratorem misji w Hu-kuangu. Pełni te odpowiedzialne funkcje w duchu św. Wincentego á Paulo. Lista jego osiągnięć misyjnych i apostolskich jest długa, ale uwagę zwraca jego nieustępliwe zaangażowanie w sprawę chrztu zagrożonych śmiercią niemowląt chińskich. Dzieci te były wyrzucane przez swoich rodziców, którzy w ten sposób skazywali je na śmierć. Działając w Dziele Świętego Dziecięctwa Pana Jezusa, ks. Franciszek Clet czynił wszystko, aby jak najwięcej tych dzieci przed śmiercią zostało ochrzczonych.
W 1811 r. rozpoczęły się prześladowania chrześcijan w Chinach, którym przypisywano spowodowanie klęsk publicznych, czy nawet prywatnych. Ks. Franciszek Clet musiał się ukrywać. Został jednak zdradzony i 16 czerwca 1819 r. Chińczycy go aresztowali. Przeszedł długą, uciążliwą i bolesną drogę przed chińskimi sądami. Mimo swych 72 lat, w więzieniu, bardzo cierpiąc i będąc narażonym na zniewagi i obelgi, zapomina o swych dolegliwościach, a pociesz współwięźniów chrześcijańskich, zachęca ich do męstwa i wytrwałości w służbie Jezusa. Po półtora rook od uwięzienia z Pekinu przychodzi wyrok skazujący go na śmierć przez uduszenie. Wyrok zostaje wykonany 18 lutego 1820 r.
Został pochowany w Chinach skąd w 1869 r. ciało ks. Cleta przewiezione do Francji, spoczęło w centralnym domu Misjonarzy w Paryżu. Został beatyfikowany dn. 27 maja 1900 r. przez papieża Leona XIII, a kanonizowany w dn.1 października 2000 r. przez Jana Pawła II.